Hankkeen tiedot |
| Nimi | Bioinformatiikan osaamisen ja koulutuksen kehittäminen Itä-Suomessa |
| Aloituspäivä | 1.4.2013 |
| Lopetuspäivä | 31.3.2015 |
| www-sivut | uef.fi/bioinformatics |
| Tila | Päättynyt |
| Yhteyshenkilö | Mikko Laasanen |
| Kuvaus | Savonia-AMK:n osalta hankkeen tavoitteena on:
- Ajankohtaisen, sopivan haasteellisen ja mielenkiintoisen uuden oppimisympäristön tarjoaminen erityisesti tietotekniikan alan opiskelijoille (TKI-opintopisteitä). - Oman henkilökunnan osaamisen kehittäminen tietomäärältään erittäin vaativan tietojärjestelmän suunnittelussa ja käyttöönotossa (hanke + koulutuksia). - Kuopion alueen korkeakoulujen välisen yhteistyön kehittäminen – oma henkilöstö ja opiskelijat. - Uusien verkostojen luominen KYS:n, Fimean ja hankkeessa toimivien yritysten kanssa. |
| Kehittämistarve | Kuopion seutu tunnetaan terveys- ja bioalan osaamisestaan. Näiden alojen tuottaman tutkimusinformaation tehokas säilöntä ja analysointi vaativat erittäin kehittyneiden tietojärjestelmien ja tiedonhallintamenetelmien käyttöä. Bioinformatiikka yhdistää tietojenkäsittelyä, tilastotiedettä ja matematiikkaa bio- ja lääketieteen ongelmien ratkaisuun. Tyypillistä bioinformatiikkaa ovat mm. suurten tutkimusaineistojen hallinta, data-analyysi sekä ohjelmistokehitys. Pullonkaulana on globaali puute osaavista bioinformaatikoista. Itä-Suomen yliopisto (UEF) kehittää hankkeen avulla bioinformatiikan koulutustaan ja on sitoutunut kehittämään keskitetysti bioinformatiikkaan liittyvää toimintaympäristöä ja infrastruktuuria.
Yliopiston osaamisen täydentäminen Savonia-amk:n teknologisella osaamisella mahdollistaa uuden toimintaympäristön tehokkaan käyttöönoton ja luo samalla poikkeuksellisen ajankohtaisen oppimisympäristön amk:n tietotekniikan alan opiskelijoille ja henkilökunnalle. Projekti linkittyy käynnissä oleviin UEF:in ja KYSin Biopankki-hankkeisiin (ESR- hanke, "Kuopion Biopankin perustaminen, laatujärjestelmän kehittäminen ja verkostoituminen" ja EAKR-hanke, "Kuopion Biopankin infrastruktuurin kehittäminen"; yhteyshenkilö Arto Mannermaa/UEF). BIOS-projekti muodostaa kiinteän kokonaisuuden samaan aikaan käynnistetyn EAKR-rahoitteisen BIAS-projektin kanssa (vain UEF). Projektit täydentävät toisiaan laaja-alaisesti, ESR-projektin keskittyessä osaamisen ja koulutuksen kehittämiseen ja EAKR-projektin keskittyessä tähän vaadittavan infrastruktuurin pystyttämiseen. |
| Toimenpiteet | Savonian keskeinen rooli hankekokonaisuudessa on bioinformatiikan järjestelmäinfrastruktuurin kehitystyöhön osallistuminen asiantuntija- ja opiskelijaresurssein. Työ pitää sisällään erityisesti ohjelmistojen asennusta, käyttöönottoa ja käyttöohjeiden/koulutusmateriaalien laadintaa (harjoittelut/kurssit). Datan louhintatekniikoiden ja tietojärjestelmien kehitysvaiheesta saadaan mm. haasteelisia opinnäytetyöaiheita. Tämän lisäksi laskenta- ja tallennuspalvelinten käyttöönotossa on kohteita, joihin amk:n opiskelijat ja henkilökunta osallistuvat. AMK:n asiantuntemusta voidaan käyttää myös palvelinlaitteistojen hankintaprosessissa.
Koko hankkeen osalta: - Järjestetään 4kpl koulutuskursseja - Tehdään tutkimusyhteistyö-pilotteja - Toteutetaan ostopalveluna asiantuntija-arviointi (bioinformaatiikan tila ja toimenpiteet kehityksen turvaamiseksi Itä-Suomessa) - Järjestetään verkostoitumis- ja koulutusvierailuita - Luodaan verkkosivut, jotka tarjoavat projektiin liittyvää tietoa |
| Tulokset | Savonian osalta osatavoitteisiin vieviä tuloksia ovat:
- Järjestelmäinfrastruktuurin käyttöönotto (= UEF:n EAKR-hankkeessa hankittavat palvelimet ja ohjelmistot) - Tiedonhallintajärjestelmien kehittämistehtävät (ml. datanlouhinta). - Koulutukset (joihin soveltuvin osin osallistuu myös AMK:n henkilökuntaa) Hankekokonaisuuden tuloksia ovat (=UEF): 1. Koulutukset (4kpl) 2. Bioinformaatiikan tutkimusyhteistyö-pilotti 3. Ulkopuolinen asiantuntija-arviointi ja sidosryhmäselvitykset 4. Koulutus- ja verkostoitumismatkat (3kpl) |
| Kumppanit | Kyseessä on Itä-Suomen yliopiston hankekokonaisuus, jossa Savonia-amk on osatoteuttajana.
Hankkeen välilliseen kohderyhmään kuuluvat kaikki itäsuomalaiset bioinformatiikasta lisäarvoa hakevat tutkimus-, koulutus- ja kehittämisorganisaatiot ja niissä nyt tai tulevaisuudessa työskentelevät henkilöt. Hyödynsaajina tulevat olemaan myös kaikki Itä-Suomen alueen yritykset, joilla on tarvetta bioinformatiivisen osaamisen vahvistamiseen ja parantamiseen. Tällaisia välillisesti projektista hyötyviä organisaatioita ja yrityksiä voi olla mm. hyvinvointi-, ICT-, elintarviketeknologia-, ympäristö- ja energia-, metsäaloilla. Kohderyhmänä on: - Pohjois-Savon sairaanhoitopiirin ja KYS:n lääkärit, hoitohenkilökunta, tutkimushoitajat, kehitysjohtajat ja tutkijat - Fimean terveydenhuollon ja potilasturvallisuuden virkamiehet - Savonia-ammattikorkeakoulun teknologia- ja ympäristöalan opiskelijat ja henkilökunta - Kuopion terveys- ja bioalan yritysten tutkimus- ja tuotekehityshenkilökunta (mm. Medeia Therapeutics ja Genomi Solutions) - Itä-Suomen yliopiston Terveystieteiden tiedekunnan opiskelijat ja tutkimusryhmät sekä osittain muiden tiedekuntien opiskelijat ja tutkijat Hanke tukee välillisesti kaikkia terveys- ja bioalan toimijoita Itä-Suomen alueella. Vahva bioinformatiikan osaaminen tulee olemaan avaintekijä näiden alojen tulevaisuuden kannalta Itä-Suomessa, ja riittävän infrastruktuurin ja osaamispohjan varmistaminen helpottaa näiden alojen koulutuksen, innovoinnin ja rahoituksen kehittämistä. Ajanmukainen toimintaympäristö sekä osaava ja ammattitaitoinen työvoima alueen yliopistossa, korkeakouluissa, tutkimusyhteisöissä ja yrityksissä luovat edellytyksiä alueellisen osaamisen ja kilpailukyvyn vahvistamiselle sekä niihin perustuvan liiketoiminnan kasvulle. |
| Rahoittaja | ESR 2007-2013 |